Algunos historiadores por tanto, se refieren a esta Inquisición de la Edad Moderna como La Nueva Inquisición, aunque en realidad no se tiene constancia de una Inquisición medieval en Castilla.
Ante todo se debe aclarar que la Inquisición solo podía juzgar a personas que perteneciesen a la Iglesia Católica, es decir, que hubieran profesado el sacramento del bautismo. En sus primeros años solo interesaba que se juzgase a los judeoconversos sevillanos.
El problema principal era que los judíos conversos superaban a los propios judíos.
Fray Tomás de Torquemada fue el primer Inquisidor General de Castilla (1483) y posteriormente también de Aragón (1487). Muchos judeoconversos llegaron a infiltrarse en la Iglesia, de tal manera que hubo obispos con padres o abuelos judíos. Torquemada llevaba sangre judía en sus venas.
Los judíos, aunque reconocidos legalmente, tenían limitaciones para acumular riquezas o comerciar. Los judeoconversos conocieron un auge económico debido a la ausencia de limitaciones en la ley, porque jurídicamente, eran cristianos nuevos a los que se había bautizado, pero en la realidad, había una mayoría que seguía profesando y practicando su fe en la intimidad de sus hogares, aprovechando el limbo legal que le ofrecía la conversión al cristianismo.
La riqueza de estos judeoconversos había provocado, en la Baja Edad Media, un sentimiento antisemita que generó numerosas revueltas sobre todo en ciudades como Jaén, Córdoba o Sevilla donde la masa de judíos y judeoconversos era mayor. Muchas veces serán los reyes y nobles de la época los que defiendan a los conversos ya que valoraban mucho los servicios prestados como letrados, médicos etc.
Auto de fe celebrado en la Plaza de San Francisco de Sevilla. Los autos de fe eran actos judiciales donde se le daba a conocer al reo la sentencia ya fuera reconciliado (castigo menor) o relajado (pena de muerte). El primer auto de fe (juicio inquisitorial) se celebró en Sevilla en 1481 y tras once años se terminará expulsando a los judíos de España (1492).
La Inquisición siguió funcionando, una vez controlado el problema judeoconverso, aunque reyes posteriores como Carlos I ó Felipe II se centraron en reducir la población protestante que en el siglo XVI había aumentado. También por estos años son juzgados los criptomusulmanes o musulmanes conversos (moriscos) que seguían siendo fieles al Islám. Esto duró hasta su expulsión en 1609.
En el siglo XVII la Inquisición se había convertido en algo normal para los españoles, sin embargo era mirado con asombro por los extranjeros. Esta normalidad llegaba hasta tal punto de que en las revueltas de 1652 en Sevilla, la turba enfurecida asaltó prisiones y edificios públicos pero respetando los de la Inquisición. Es más, la Institución era vista como un instrumento para atacar a las clases altas y eso le creó una popularidad reflejada en la confluencia de público que abarrotaba las plazas y calles cuando se sucedía un auto y también en la participación del pueblo en las denuncias.
El hombre de a pie no tenía que temer realmente a la Inquisición pues los actos de condena iban dirigidos contra los malos cristiano como los judeoconversos o los"marranos",(judíos portugueses), los cuales entraron en tromba en España cuando esta se unió con Portugal (1580), huyendo de la Inquisición portuguesa, más dura que la española.
Los cristianos viejos eran condenados por delitos menores (bigamia, homosexualidad, infidelidad etc.) y no hubo nunca en España una caza de brujas como ocurrió en el resto de Europa.
A partir del siglo XVIII la Inquisición irá cayendo poco a poco ya que las nuevas ideas ilustradas que aportaron los monarcas Borbones en España harán que se vea la Institución Inquisitorial como un anacronismo de la época que hacía a las clases altas sentirse atrasadas frente al resto de Europa.
En 1812 fue abolida por las Cortes de Cádiz y resucitada por Fernando VII en el sexenio absolutista (1814-20) pero ya solo sirvió como policía política antiliberal y había perdido toda su esencia primigenia. La Inquisición fue suprimida definitivamente tras varios siglos de vigencia.
Vía| Antonio Domínguez Ortíz, Autos de la Inquisición en Sevilla. Sevilla: Área de Cultura,Ayuntamiento de Sevilla, 2003. Michel Boeglin, Inquisición Y Contrarreforma el Tribunal del Santo Oficio de Sevilla (1560-1700). Sevilla : Ayuntamiento de Sevilla, Instituto de la Cultura y las Artes : Espuela de Plata, 2006;